Il existe un ensemble de troubles, regroupés sous le terme de troubles spécifiques des apprentissages. Un nombre considérable d’enfants (4 à 6 %) souffrent de tels troubles. Ils ne peuvent s’expliquer ni par un manque d’intelligence, ni par un environnement socioéconomique défavorable ou encore par un problème psycho-affectif important.
Ces troubles ont une origine neurobiologique et correspondent au fait que certaines zones du cerveau ne se sont pas développés correctement durant la période prénatale.
Ces troubles correspondent à la dyslexie s'agissant de la lecture, à la dysorthographie pour les correspondances lettres et sons ou encore à la dyspraxie en ce qui concerne la planification et la coordination des gestes appris. Ils correspondent également à la dysphasie pour le langage oral et à la dyscalculie pour les performances mathématiques.

La Méthode Tomatis® en jouant sur la plasticité des circuits nerveux impliqués dans le décodage et l’analyse des sons, mais également sur ceux de la motricité, de l’équilibre et de la coordination, peut aider les enfants à développer des stratégies de compensation face aux troubles de l'apprentissage et du langage. Ainsi, si elle ne permet pas de les éradiquer, elle amène néanmoins le sujet à les gérer et à les surmonter efficacement.

L'attention est la capacité à sélectionner et à maintenir dans la conscience un événement extérieur ou une pensée. Elle correspond à un état général d'éveil et de vigilance qui permet au système nerveux d'être réceptif à toute forme d'information lui parvenant. Les troubles de l'attention vont concerner les enfants ou adultes qui ne peuvent rester concentrés pendant des périodes suffisamment longues sur un travail à effectuer, même si par ailleurs, celui-ci ne demande que peu d'effort intellectuel et présente un caractère routinier ou familier (par exemple, un travail de révision ou de recopiage). Une modalité particulière de l'attention est la capacité à pouvoir partager son attention entre plusieurs sources d'informations ou tâches à effectuer. Cette modalité attentionnelle, très coûteuse sur le plan cognitif, constitue, lorsqu'elle est défaillante, une source de difficulté ou de souffrance considérable pour l'enfant en situation scolaire.
En plus de son action générale de stimulation cérébrale (on parle d'éveil corticale), la Méthode Tomatis® peut avoir une action très positive sur l'attention sélective. En effet, le procédé Tomatis® repose sur une bascule électronique qui provoque un contraste sonore destiné à surprendre constamment le cerveau pour le tenir en éveil. Le but étant de l'aider à développer des mécanismes automatiques de détection du changement, ce qui a pour conséquence le renforcement de l'attention sélective.

Si l'on perçoit l'importance de bouger pour entretenir son corps, on ne réalise pas toujours qu'il est aussi important d'entretenir son cerveau. C'est en le stimulant par l'envoi de messages sensoriels qu'il nous dynamise et nous détend. Comme l'oreille est le plus important canal de passage des messages sensoriels du corps humain, on comprend sans difficulté son rôle.
Cette stimulation peut être déficiente lorsque le cerveau déclenche un mécanisme de protection. Ce mécanisme peut se produire à la suite d'un évènement ponctuel traumatisant appelé choc émotionnel. Le cerveau a également tendance à se protéger progressivement lorsque l'environnement externe l'agresse. Ce peut être le cas de personnes confrontées à une réorganisation du rythme de vie, à l'accroissement de responsabilités, à la perte de repères, à la pression sociale.
La Méthode Tomatis® agit sur le système limbique (partie médiane du cerveau) auquel le système auditif est relié. Cette partie est, entre autre, responsable des mécanismes de l'émotion, de la mémoire et de l'apprentissage. Par ailleurs, l'organe de l'oreille moyenne appelée cochlée joue de le rôle de charge corticale. Ainsi, par son action sur le système limbique et le cortex préfrontal, la Méthode Tomatis va intervenir dans la régulation des troubles de l'émotion relatifs à la dépression et à l'anxiété. Elle va par ailleurs avoir une action efficace directe sur la régulation du stress.

Toute distorsion d'écoute trop installée entraîne la perte même du désir d'écouter qui à son tour, va générer une baisse du désir de communiquer, que ce soit par la résignation ou le manque de confiance résultant des difficultés à pouvoir le faire efficacement.
Il faut rappeler qu'avoir une bonne écoute n'implique pas nécessairement avoir une bonne audition. L'écoute se caractérise à la fois par une réelle intention de communiquer ainsi que par une qualité de perception et d'interprétation du message sonore reçu. Elle s'évalue donc par la qualité d'exploitation de notre audition et non pas par son niveau de sensibilité.
Bien que l'expression « problèmes de communication » possède indubitablement un caractère très général, et que les difficultés de communication puissent avoir des causes fort diverses et variées, il n'est reste pas moins qu'une proportion considérable de ces dernières trouvent leur origine dans des distorsions avérées de la fonction d'écoute.
Les difficultés de communication pourront prendre des formes très différentes. Par exemple, elles peuvent se manifester par une incapacité à accepter de recevoir les sons qui nous entourent sans en être agressé: le klaxon d'une voiture, le claquement d'une porte, l'ambiance sonore élevée d'un restaurant, mais aussi certaines voix, comme celle d'un collègue de travail, d'un parent, d'un ami... Pour certains, il y aura impossibilité d'utiliser sa voix comme un véritable outil de communication, par manque de maîtrise de ses différents composants prosodiques : intonations, inflexions, rythme, intensité. La voix sera alors perçue comme agressive, froide, ou dénuée de tout pouvoir d'expression par l'interlocuteur qui la reçoit.

C'est précisément en travaillant sur la réception et l'émission du son que la Méthode Tomatis® agit efficacement sur la communication.

Il s'agit de difficultés concernant un retard dans l'exécution de gestes qui n'ont pas besoin d'être appris culturellement, par une éducation explicite, contrairement à ceux relatifs à la dyspraxie (comme par exemple manger avec des couverts), et qui normalement se mettent en place naturellement au cours du temps (par exemple : marcher, courir, sauter, marquer un rythme avec le pied ou les doigts).
Ces troubles concernent donc la réalisation de gestes ayant un caractère global au plan corporel. Par exemple, les enfants présentant de telles difficultés n'arriveront pas à coordonner leurs bras et leurs jambes quand ils nagent, courront de façon désordonnée, auront du mal à s'équilibrer sur un pied ou à descendre des escaliers. Les troubles d'acquisition des coordinations sont régulièrement associés, bien qu'à des degrés divers, à une dyslexie.

L'oreille n'est pas seulement un organe sensoriel qui capte les sons. Elle joue également une fonction motrice grâce à un organe interne appelé vestibule. Le rôle du vestibule est de gérer les mécanismes de l'équilibration.
Par son action directe sur le vestibule, la Méthode Tomatis® agit de ce fait directement sur la régulation du tonus musculaire et donc de la verticalité, mais également sur les troubles de la latéralité. Par ailleurs, en association avec plusieurs autres parties du cerveau, le système vestibulaire joue un rôle important sur les mécanismes de la coordination et du rythme. Par conséquent, la Méthode Tomatis® peut intervenir efficacement sur les troubles du rythme et de la coordination.
Enfin, en association avec le cortex cérébral, le vestibule est fortement impliqué dans la capacité de navigation spatiale et la formation du schéma corporel. C’est pourquoi le champ d’action de la Méthode Tomatis® concerne aussi les troubles de la spatialisation et du schéma corporel.

Ce sont des troubles sévères et précoces, caractérisés par des retards et des altérations du développement des capacités d'interactions sociales, cognitives et de la communication.
Les circuits nerveux reliant l’oreille au cerveaux contiennent des neurones particuliers (à la fois moteurs et sensoriels) appelées « neurones miroirs » qui jouent un rôle important dans la construction de la cognition sociale, c'est à dire l'ensemble des processus qui permettent d'attribuer à une personne des intentions, des idées et même de comprendre son état émotionnel.

En agissant sur ces circuits nerveux, c'est donc à la fois la capacité à communiquer et la qualité de nos compétences relationnelles que la Méthode Tomatis® se propose d'améliorer.
La Méthode Tomatis® a montré son efficacité pour aider des personnes souffrant de troubles de l'autisme et de comportements associés (ex : syndrome d'Asperger...). De nombreuses approches sont possibles pour venir en aide aux personnes présentant de tels troubles. La Méthode ne saurait être exclusive.

Si l'on perçoit l'importance de bouger pour entretenir son corps, on ne réalise pas toujours qu'il est aussi important d'entretenir son cerveau. C'est en le stimulant par l'envoi de messages sensoriels qu'il nous dynamise et nous détend. Comme l'oreille est le plus important canal de passage des messages sensoriels du corps humain, on comprend sans difficulté son rôle.
Cette stimulation peut être déficiente lorsque le cerveau déclenche un mécanisme de protection. Ce mécanisme peut se produire à la suite d'un évènement ponctuel traumatisant appelé choc émotionnel. Le cerveau a également tendance à se protéger progressivement lorsque l'environnement externe l'agresse. Ce peut être le cas de personnes confrontées à une réorganisation du rythme de vie, à l'accroissement de responsabilités, à la perte de repères, à la pression sociale.

L’oreille humaine assure une fonction de « charge corticale ». Elle a donc besoin d’être stimulée pour énergiser le cerveau et le corps. Le son est nécessaire pour notre épanouissement personnel. Plus il est riche en harmoniques hautes, plus son effet est efficace. En effet, les sons riches en harmoniques hautes stimulent un vaste réseau nerveux, appelé « formation réticulée », qui contrôle le niveau d’activité globale de l’activité cérébrale. L'action dynamisante de la Méthode Tomatis® est doublée d’un effet relaxant au niveau corporel ce qui va entrainer une action positive sur la régulation de l’angoisse et du stress.

Un des champs historiques de la Méthode Tomatis® concerne l’amélioration de la musicalité et de la voix parlée ou chantée. En effet, grâce à une action directe sur les mécanisme cérébraux liant perception et action, le principe fondamentale de la Méthode Tomatis® est que toute modification portant sur les mécanismes concernant la réception et l’analyse d’un message sonore aura des conséquences sur la façon de reproduire ce message, que ce soit de façon parlée, chantée ou par l’intermédiaire d’un instrument de musique. Par ailleurs, une émission vocale de qualité n'exige pas seulement une bonne écoute du message sonore venant de l'extérieur, mais aussi et surtout une bonne auto écoute, c'est à dire la capacité d'utiliser sa propre voix comme la source sonore à analyser et à contrôler avec justesse, en intensité et en qualité. Cette auto écoute peut se réaliser à condition que la vibration sonore perçue soit correctement régulée par conduction osseuse qui est la voie de transmission du son par tous les os du corps et en particulier par la boite crânienne.

Il est bien établi que la mère, pendant qu'elle attend son enfant, va lui transmettre toute la palette de ses états affectifs et émotionnels tant positifs que négatifs. C'est la raison pour laquelle il est important que, durant cette période exceptionnelle au plan de la communication, la future maman se trouve dans les meilleures conditions possibles de détente et de sérénité. Par ailleurs, la voix maternelle est perçue par le fœtus. Cette dernière constitue une sorte de substance sonore affective primordiale et capitale pour le développement, tant physique que psychique de l'enfant. Il est donc important qu'elle soit agréablement perçue par l'enfant.

Au cours de son développement, l'enfant va devoir à la fois sélectionner les éléments sonores compatibles avec son environnement linguistique, et négliger d'entendre ceux qui sont absents des structures phonétiques qu'il perçoit dans son entourage habituel : il va y avoir codage linguistique par ajustement aux structures sonores de sa propre langue. Mais ce codage, parce qu'il est spécifique à chaque langue, va rapidement constituer un frein à l'apprentissage d'une langue étrangère dans la mesure où celle-ci n'est pas conforme aux patterns sonores de la langue maternelle intériorisés dès la petite enfance. Ainsi, une langue est d’abord une musique, c’est à dire un ensemble de rythmes et de sons spécifiques. Ces rythmes et sons constituent le substrat sonore fondamental sur lequel toutes les autres acquisitions (lexicales, syntaxiques, sémantiques) vont se greffer.

Le but de la Méthode Tomatis® consiste à donner à toute personne désireuse d’apprendre une langue étrangère, la possibilité de s’approprier véritablement ses rythmes et ses sons en permettant à l’oreille de s’adapter efficacement à ces derniers, afin de pouvoir les analyser et les reproduire. Ce travail consiste ainsi à se libérer des habitudes rythmiques et sonores de sa propre langue, ces dernières exerçant une action souvent négative sur la langue à apprendre.