Istnieje szeroka gama trudności w nauce zgrupowanych pod nazwą specyficznych trudności szkolnych . Doświadcza ich znaczna ilość dzieci (od 4 do 6%). Nie można ich wyjaśnić brakiem inteligencji, ani niesprzyjającymi warunkami ekonomicznymi, czy też problemami natury psychologiczno-emocjonalnej. Trudności te mają podłoże neurobiologiczne i zakłada się, że są rezultatem nieprawidłowego rozwoju określonych okolic mózgu w okresie prenatalnym.
Do zaburzeń tych zaliczamy: dysleksję w zakresie umiejętności czytania, dysgrafię w pisowni , oraz dyspraksję w planowaniu i koordynacji wyuczonych ruchów, a także dysfazję w języku mówionym i dyskalkulię w opanowaniu matematyki.

Metoda Tomatisa® oddziałuje na plastyczność połączeń nerwowych, odpowiedzialnych za dekodowanie i analizę dźwięków, jak również za motorkę, równowagę i koordynację. Może ona pomóc w rozwijaniu strategii kompensacyjnych w przypadku problemów w nauce i w języku. Metoda Tomatisa® nie jest w stanie całkowicie wyeliminować tych problemów, ale pozwala zapanować nad nimi i skutecznie sobie z nimi radzić.

Uwaga to zdolność wybierania i zachowania w świadomości dowolnej myśli lub wydarzenia ze świata zewnętrznego. Odpowiada ona ogólnemu stanowi wzbudzenia i czujności, które pozwalają systemowi nerwowemu być otwartym na wszelkie formy informacji, które do niego docierają. Zakłócenia uwagi dotyczą dzieci i dorosłych, którzy nie potrafią skupić się przez czas niezbędny do wykonania określonej pracy, nawet jeśli ta praca nie wymaga wielkiego wysiłku intelektualnego i ma charakter czynności rutynowej lub nawykowej (typu sprawdzanie lub przepisywanie). Szczególnym typem uwagi jest jej podzielność (zdolność zbierania informacji z kilku źródeł lub umiejętność wykonywania wielu czynności na raz). Ten tryb uwagi wymaga większego wysiłku na płaszczyźnie kognitywnej, a jej zaburzenia mogą być źródłem poważnych trudności, a nawet cierpień dziecka w sytuacjach szkolnych.

Z racji ogólnego oddziaływania na pobudzenie mózgowe (mówimy tu o doładowaniu korowym), Metoda Tomatisa® może mieć bardzo pozytywny wpływ na selektywność uwagi. Efekt Tomatisa® bazujący na elektronicznym bramkowaniu dzwięków powoduje kontrast dźwiękowy, którego zadaniem jest utrzymanie mózgu w stanie pobudzenia. Celem tego działania jest wsparcie rozwoju automatycznych mechanizmów wykrywania zmian, co w efekcie powinno wzmocnić uwagę selektywną.

O ile powszechnie za ważną uważa się potrzebę ćwiczeń dla utrzymania dobrej kondycji fizycznej, to nie zawsze zdajemy sobie sprawę z tego, jak ważne są ćwiczenia dla naszego mózgu. Mózg stymulowany wysyłanymi mu informacjami sensorycznymi może nas dynamizować lub odprężać. Ponieważ ucho jest najważniejszym kanałem przekazu informacji sensorycznych w ludzkim ciele, łatwo zrozumieć jego kluczową rolę w stymulacji mózgu. Aktywizacja ta może być niewystarczająca w przypadku uruchomienia przez nas mechanizmów obronnych . Mechanizmy te mogą zostać uruchomione w przypadku jednorazowego wydarzenia o charakterze traumatycznym zwanego szokiem emocjonalnym. Mózg ma także tendencję do bronienia się, jeżeli otoczenie zewnętrzne jest przez nas postrzegane jako agresywne. Tak dzieje się w przypadku osób zmuszonych do stawienia czoła zmianom rytmu życia, zwiększonej odpowiedzialności lub w sytuacjach utraty wsparcia rodzinnego czy presji społecznej.

Metoda Tomatisa® oddziałuje na system limbiczny (środkową część mózgu), z którym połączony jest system słuchowy. Sfera ta jest odpowiedzialna między innymi za mechanizmy emocjonalne, pamięć i uczenie się. Ponadto, jeden z organów ucha środkowego zwany ślimakiem odgrywa rolę „ładowarki” korowej. Oddziałując na system limbiczny i przednią część kory mózgowej Metoda Tomatisa® przyczynia się do regulacji zakłóceń emocjonalnych takich jak depresja czy stany lękowe. Ma ona także wpływ na bezpośrednie i skuteczne łagodzenie stresu.

Głęboko zakorzenione zakłócenia słuchu mogą doprowadzić do całkowitej utraty woli słuchania, a to z kolei do utraty chęci komunikowania się z powodu zaniechania lub braku wiary we własne możliwości skutecznej komunikacji.
Przypomnijmy, że dobry słuch nie musi wcale oznaczać dobrego sposobu słuchania. Słuchanie cechuje zarówno rzeczywista wola komunikowania się, jak i jakość percepcji i interpretacji otrzymanej informacji dźwiękowej. Ocenia się je więc poprzez jakość wykorzystania naszego słuchu, a nie poprzez poziom jego wrażliwości.
 Pomimo że termin “zakłócenia komunikacyjne” ma charakter bardzo ogólny, a trudności w komunikowaniu mogą mieć różne podłoże, to jednak znaczny odsetek tych problemów ma swą genezę w zakłóceniach związanych z funkcją słuchania.
Trudności w komunikowaniu się mogą przybierać bardzo różnorodne formy. Może to być np. niezdolność do zaakceptowania neutralnych dźwięków z otoczenia: klakson samochodowy, trzaśnięcie drzwiami, gwar w restauracji czy nawet znane nam głosy kolegów z pracy, rodziców lub przyjaciół, które w przypadku zaburzeń funkcji słuchania są postrzegane jako agresywne. W innych przypadkach niemożliwym będzie użycie własnego głosu jako prawdziwego narzędzia komunikacji, wynikające z braku opanowania jego elementów prozodycznych: intonacji, fleksji, rytmu, akcentu itd. Głos takiej osoby będzie wówczas postrzegany jako zimny, agresywny lub pozbawiony wszelkiej ekspresji.

Metoda Tomatisa® wpływa skutecznie na komunikowanie się, poprawiając recepcję i emisję dźwięku.

Zaburzenia psychomotoryczne to opóźnienia w wykonywaniu i koordynacji gestów, które nie są przyswajane w kontekście kulturowym, ani w procesie edukacji, lecz nabywane są z czasem niejako “naturalnie” (np. chodzenie, bieganie, skakanie, wystukiwanie rytmu stopą lub palcami). Ich przeciwieństwem są gesty odnoszące się do praksji, które opanowuje się kulturowo (np. jedzenie przy pomocy sztućców).

Trudności psychomotoryczne dotyczą więc wykonywania gestów mających charakter ogólny . Na przykład, dzieci z tego typu trudnościami będą niezdolne do koordynacji ruchów rąk i nóg w trakcie pływania, będą biegać w nieskoordynowany sposób, będą miały problem z utrzymaniem równowagi stojąc na jednej nodze lub schodząc po schodach. Zaburzenia koordynacji powiązane są, choć w różnym stopniu, z zaburzeniami o typie dysleksji.

Ucho jest nie tylko organem zmysłu odbierającym dźwięki. Odgrywa ono również ważną funkcję motoryczną dzięki organowi ucha wewnętrznego zwanego przedsionkiem. Rolą przedsionka jest nadzorowanie mechanizmów równowagi. Oddziałując bezpośrednio na przedsionek Metoda Tomatisa® oddziałuje bezpośrednio na napięcie mięśniowe, a tym samym na utrzymanie postawy pionowej oraz trudności w lateralizacji. Ponadto, łącząc się z wieloma innymi ośrodkami mózgu, system przedsionkowy odgrywa ważną rolę w mechanizmach rytmu i koordynacji. W rezultacie Metoda Tomatisa® może skutecznie wpływać na eliminację trudności w koordynacji ruchów i utrzymania rytmu.
Wreszcie, w połączeniu z korą mózgową, przedsionek silnie wpływa na zdolność przemieszczania się w przestrzeni oraz tworzenie schematu własnego ciała. Dlatego Metoda Tomatisa® ma również zastosowanie w problemach z relacjami przestrzennymi i percepcją własnego ciala.

Są to poważne problemy pojawiające się we wczesnym dzieciństwie, charakteryzujące się opóźnieniami i odchyleniami w rozwoju zdolności do interakcji społecznych, rozwoju funkcji poznawczych oraz umiejętności komunikowania się.
Połączenia nerwowe łączące ucho z mózgiem składają się ze specyficznych neuronów (zarówno sensorycznych, jak i motorycznych) nazywanych „neuronami lustrzanymi”, które odgrywają istotną rolę w budowaniu świadomości społecznej, czyli zespołu procesów pozwalających nam przydzielać drugiej osobie intencje, myśli, a nawet rozumieć jej stan emocjonalny.

Oddziałując na połączenia nerwowe, Metoda Tomatisa® może okazac się pomocna zarówno w polepszaniu zdolności komunikowania się, jak i poprawie jakości naszych relacji społecznych.
Metoda Tomatisa® wykazała swoją skuteczność w terapii osób cierpiących na zaburzenia autystyczne oraz zachowania z nim kojarzone (np. Zespół Aspergera). Istnieje wiele sposobów przychodzenia z pomocą tego typu osobom i Metoda Tomatisa® nie jest tu oczywiście jedyną metodą terapii.

Ruch fizyczny jest ważny dla dobrej kondycji naszego ciała, ale nie zawsze zdajemy sobie sprawę z tego, że jest on równie ważny dla naszego mózgu. Stymulacja mózgu przez bodźce sensoryczne działa na nas dynamizująco lub odprężająco. Ponieważ ucho jest najważniejszym kanałem przekazu informacji sensorycznych ludzkiego ciała, łatwo zrozumieć jego kluczową rolę w stymulacji organizmu. Stymulacja ta może być niewystarczająca w przypadku uruchomienia przez mózg mechanizmów obronnych, co zdarza się niekiedy na skutek jednorazowego wydarzenia o charakterze traumatycznym zwanego szokiem emocjonalnym. Mózg ma także tendencję do bronienia się, jeżeli otoczenie zewnętrzne jest przez nas postrzegane jako agresywne. Tak dzieje się w przypadku osób zmuszonych do stawienia czoła zmianom rytmu życia, zwiększonej odpowiedzialności lub w sytuacjach utraty wsparcia rodzinnego czy presji społecznej. Ucho ludzkie spełnia funkcję “doładowania korowego.” Potrzebuje więc ono stymulacji w celu dostarczenia energii mózgowi i ciału. Dźwięk jest nam niezbędny do rozwoju osobistego. Im bogatszy w wysokie tony harmoniczne, tym skuteczniejsze jest jego oddziaływanie. Dźwięki bogate w wysokie tony harmoniczne stymulują obszar mózgu nazywany “ układem siatkowatym ”, który kontroluje całokształt aktywności mózgowej. Dynamizujące działanie Metody Tomatisa® wzmocnione jest efektem rozluźniającym na płaszczyźnie cielesnej, co ma pozytywny wpływ na zniwelowanie poziomu stresu i niepokoju.

Jednym z historycznych obszarów zastosowania Metody Tomatisa® było polepszenie muzykalności oraz jakości głosu mówionego i śpiewanego. Dzięki bezpośredniemu oddziaływaniu na mózgowe mechanizmy łączące percepcję i działanie, podstawową zasadą Metody Tomatisa® jest to, że wszystkie zmiany w zakresie mechanizmów percepcji i analizy przekazu dźwiękowego będą miały konsekwencje w jego odtworzeniu, w formie mówionej, śpiewanej, czy przy pomocy instrumentu muzycznego.

Ponadto dobra jakość głosu wymaga nie tylko dobrego słyszenia dźwięku pochodzącego z zewnątrz, ale także, a może przede wszystkim, dobrego słyszenia samego siebie. To z kolei oznacza zdolność do używania własnego głosu jako źródła dźwiękowego, które potrafimy odpowiednio analizować i kontrolować w zakresie natężenia i jakości. Takie autosłuchanie ma jednak miejsce tylko pod warunkiem, że odbierane wibracje dźwiękowe są odpowiednio regulowane w przewodnictwie kostnym, które jest przewodnictwem dźwięku przez układ kostny całego ciała, a w szczególności przez czaszkę.

Dobrze wiadomo, że matka oczekująca swojego dziecka przekazuje mu cała paletę stanów emocjonalnych, zarówno negatywnych jak i pozytywnych. Dlatego ważne jest, aby w tym wyjątkowym okresie przyszła matka znajdowała się w możliwie jak najlepszych warunkach spokoju i odprężenia. Co więcej, głos matki jest odbierany przez płód i staje się on rodzajem pierwotnej „afektywnej substancji dźwiękowej”, która ma zasadniczy wpływ na rozwój fizyczny i psychiczny dziecka. Ważnym jest więc, aby głos matki był odbierany przez dziecko jako przyjemny.

W trakcie swego rozwoju dziecko musi nauczyć się równocześnie wybierać dźwięki zgodne z jego otoczeniem językowym oraz eliminować takie, które nie istnieją w strukturach fonetycznych otaczającego środowiska. Dziecko będzie uczyło się kodu językowego poprzez dostosowanie do struktur dźwiękowych własnego języka. Z racji tego, że każdy język ma swój własny kod, może stać się to hamulcem w nauce języka obcego, który nie zawiera elementów dźwiękowych przyswojonych we wczesnym dzieciństwie. Tymczasem język jest przede wszystkim muzyką, czyli zespołem specyficznych rytmów i dźwięków. Te rytmy i dźwięki stanowią podstawowy substrat dźwiękowy, na który nakładają się pozostałe elementy językowe (leksyka, syntaksa i semantyka).

Celem Metody Tomatisa® jest umożliwienie danej osobie rzeczywistego przyswojenia rytmów i dźwięków danego języka, pozwalając uchu na skuteczne dostosowanie się do nich w celu dokonania ich analizy i reprodukcji. Praca ucznia polega na wyzwoleniu się z nawyków rytmicznych i dźwiękowych własnego języka, gdyż to właśnie one mają często negatywny wpływ na język, którego chcemy się nauczyć.